Stanowisko naukowe - Asystent / Scientific Position - ASSISTANT
Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. Mirosława Mossakowskiego Polskiej Akademii Nauk w Warszawie
Rekrutacja na stanowisko ASYSTENTA
Nabór do projektu badawczego NAWA nr PPN/PPO/2019/1/00001 zatytułowanego:
“Exosome-mediated enhancement of immunotherapy against glioblastoma – the role of non-coding RNA”. Tematem projektu
jest zdefiniowanie mechanizmów działania niekodujących cząsteczek RNA w procesach inicjacji i progresji nowotworów
mózgu, który będzie realizowany w Pracowni Neuroonkologii, IMDiK PAN w Warszawie.
Job opening for the position of ASSISTANT - english version
• Dyscyplina naukowa: nauki medyczne
• Data ogłoszenia: 22.10.2021
• Termin składania ofert: 03.12.2021
• Link do strony: www.imdik.pan.pl
• Słowa kluczowe: glioblastoma, non-coding RNA, immunotherapy, exosomes, tumor microenvironment
Informacja o badaniach naukowych, w których kandydat miałby uczestniczyć:
Badania laboratoryjne prowadzone przez Pracownię koncentrują się na heterogenności komórkowej i molekularnej nowotworów mózgu, funkcji niekodujących RNA (w tym mikroRNA, długich niekodujących RNA i circular RNA) i komunikacji egzosomalnej w procesach nowotworzenia i eksperymentalnej terapii przeciw-nowotworowej. W naszych interdyscyplinarnych strategiach badawczych wykorzystujemy komórki uzyskane od pacjentów, wewnątrzczaszkowe ksenografty guza, techniki badania ekspresji i targetowania genów oraz analizę bioinformatyczną.
Opis czynności w ramach stanowiska pracy:
• praca w laboratorium hodowli komórkowej i pracowni in vivo,
• prowadzenie badań z wykorzystaniem metod biologii molekularnej,
• wprowadzanie nowych technologii badawczych w celu podnoszenia jakości badań naukowych,
• publikowanie wyników w czasopismach o znaczącym współczynniku oddziaływania IF,
• przygotowanie komunikatów konferencyjnych i manuskryptów prac, udział w seminariach, kursach i szkoleniach,
• realizacja zadań badawczych realizowanego projektu, sporządzanie raportów z prowadzonych badań.
Wymagania:
• Stopień magistra nauk biologicznych lub bio-medycznych w jednej z następujących dziedzin: Biologia / Nauki o życiu, Biologia molekularna, Biologia komórki lub Biochemia / Neuro-Onkologia / Biologia medyczna / Bioinformatyka.
• Szczególnie cenionymi cechami u kandydatów są: komunikatywność, silna motywacja do pracy naukowej, umiejętność pracy w zespole i samodzielnej pracy badawczej, planowania i wykonywania doświadczeń oraz opracowywania danych.
• Dobra znajomość angielskiego, w stopniu umożliwiającym samodzielne prezentowanie wyników i przygotowywanie publikacji.
• Wymagane jest doświadczenie praktyczne w zakresie wspóczesnych technik biologii molekularnej i komórkowej (m.in. izolacja DNA/RNA, klonowanie, Real-Time PCR, western blot; pozyskiwanie, hodowla i transfekcja pierwotnych hodowli komórek nowotworowych; immunohistochemia; hybrydyzacja in situ).
• Wskazanie IMDiK PAN jako pierwszego miejsca pracy
Wymagania dodatkowe (mile widziane):
• Doświadczenie badawcze w tematyce biologii komórki, biologii molekularnej lub bioinformatycznej analizie danych.
• Doświadczenie w pracy ze zwierzętami.
• Dorobek naukowy udokumentowany publikacjami z listy JCR, udział w konferencjach krajowych i zagranicznych.
Oferujemy nastepujace warunki zatrudnienia:
• Umowę o pracę (pełny etat)
• Dynamiczne i stymulujące środowisko pracy
• Rozwojowe projekty łączące innowacyjną metodologię biotechnologiczną z klinicznym zastosowaniem, możliwość rozwoju naukowego
• Wsparcie administracyjne dla wniosków o stypendia/granty, możliwość zagranicznych wyjazdów konferencyjnych i/lub stażowych.
• Atrakcyjne wynagrodzenie wg stawek oferowanych przez NAWA
• Planowany termin rozpoczęcia pracy: styczeń 2022 (UWAGA: termin może ulec zmianie w związku z COVID-19)
Wymagane dokumenty:
• Kandydaci proszeni są o nadesłanie życiorysu (zawierającego informację o wykształceniu, dorobku naukowym, dotychczasowym doświadczeniu zawodowym, listę publikacji, doniesień zjazdowych, odbytych staży i szkoleń), listu motywacyjnego z informacjami o zainteresowaniach naukowych, kopii dyplomu potwierdzającego posiadanie wymaganego stopnia naukowego, dokumentu potwierdzającego znajomość języka angielskiego (opcjonalnie), rekomendacji (opcjonalnie) i innych dokumentów potwierdzających spełnienie wymagań sprecyzowanych w ogłoszeniu (opcjonalnie).
• Numer postępowania: PNOK-111-1/2021
• Dokumenty należy przesłać na adres This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
• Zainteresowanych zachęcamy do kontaktu z kierownikiem projektu, który może udzielić dodatkowych informacji.
• Przewidywany termin rozstrzygnięcia naboru: połowa grudnia 2021
• Przewidywany termin objęcia stanowiska: połowa stycznia 2022
Klauzula informacyjna dotycząca przetwarzania danych osobowych.
Zgodnie z art. 13 Rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r. w sprawie ochrony osób fizycznych w związku z przetwarzaniem danych osobowych i w sprawie swobodnego przepływu takich danych oraz uchylenia dyrektywy 95/46/WE (ogólne rozporządzenie o ochronie danych) dalej zwanym RODO, informujemy, że:
- Administratorem danych osobowych jest Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. Mirosława Mossakowskiego Polskiej Akademii Nauk, 02-106 Warszawa, ul. A. Pawińskiego 5 (zwany dalej IMDiK PAN).
- W IMDiK PAN wyznaczono Inspektora Ochrony Danych, z którym można skontaktować się pod adresem mailowym: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. lub przesyłając list na adres IMDiK PAN.
- Dane osobowe będą przetwarzane w celu przeprowadzenia przez IMDiK PAN postępowania rekrutacyjnego/konkursu na stanowisko wskazane w ogłoszeniu, zakończonego ewentualnym zawarciem umowy.
- Dane osobowe będą przetwarzane na podstawie obowiązku prawnego administratora, o którym mowa w art. 22' Kodeksu pracy (art. 6 ust. 1 lit. c RODO). Pozostałe dane będą przetwarzane na podstawie Pani/Pana dobrowolnej zgody (art. 6 ust. 1 lit. a RODO), rozumianej jako przesłanie zgłoszenia rekrutacyjnego/konkursowego do IMDiK PAN, a ich podanie nie ma wpływu na możliwość udziału w rekrutacji/konkursie. Jeżeli nie chce Pani/Pan, abyśmy przetwarzali dodatkowe dane, prosimy o nieumieszczanie ich w dokumentach.
- Zgłaszając swoją kandydaturę wyraża Pani/Pan zgodę na to, że w przypadku wygrania rekrutacji/konkursu Pani/Pana imię i nazwisko wraz z informacją o rekomendacji do zatrudnienia zostanie zamieszczone na stronie internetowej IMDiK PAN.
- Zgłoszenia kandydatów niewybranych w danej rekrutacji/konkursie zawierające dane osobowe, będą przetwarzane maksymalnie do miesiąca od zakończenia procesu rekrutacji, a następnie zostaną usunięte.
- Odbiorcami danych osobowych mogą być podmioty świadczące obsługę administracyjno-organizacyjną oraz podmioty uprawnione.
- W granicach i na zasadach określonych w RODO przysługuje Pani/Panu prawo żądania dostępu do swoich danych osobowych, ich sprostowania, usunięcia lub ograniczenia przetwarzania a także prawo do złożenia oświadczenia o cofnięciu zgody na przetwarzanie danych osobowych w każdym czasie. Cofnięcie zgody nie ma wpływu na zgodność z prawem przetwarzania, którego dokonano na podstawie zgody przed jej cofnięciem, jak również na przetwarzanie danych, które administrator przetwarza na podstawie innych przepisów.
- Posiada Pani/Pan prawo wniesienia skargi do Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych (ul. Stawki 2, 00-193 Warszawa).
Rygiel Tomasz
Rygiel Tomasz
Zakład Immunologii
tel. 22 60 86 449
This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
pok. A107a
Laboratory of Experimental and Clinical Neurosurgery
Head
prof. Ewa Koźniewska-Kołodziejska, PhD, MSc; phone: + 48 22 60 86 489, This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Research staff
Marta Aleksandrowicz, PhD, MSc; phone: +48 22 60 86 566, +48 22 60 86 424, This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Żanna Pastuszak-Stępień, MD, PhD; phone: +48 22 60 86 566, This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Technical staff
Łukasz Przykaza, MSc; phone: +48 22 60 86 423, +48 22 60 86 596, This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Research profile
• Disturbances of cerebral circulation following experimental ischemia and reperfusion.
• Pharmacological protection of the brain and cerebral blood vessels against transient ischemia/reperfusion damage
• Effect of high sodium diet and sodium-dependent hypertension on the regulation of the peripheral and cerebral resistance vessels
• Impairment of the regulation of cerebral vessels and brain function in experimental hyponatremia
• Analysis of the disturbances of intracranial pressure-volume relation in patients
• Differential diagnostics of normal pressure hydrocephalus and brain atrophy
• Effect of transcranial magnetic stimulation on blood supply and activity of the cerebral cortex in patients in acute stage of ischemic stroke
Grants
• "Searching for the background underlying the neuroprotective effects of the specific agonist of Y2 receptors - NPY(13-36) in the model of transient, focal cerebral ischemia in rats".”, nr 2019/33/N/NZ47/02894, Łukasz Przykaza, 2020 -2022.
• “Impact of vascular component and component related to cerebrospinal fluid circulation on the brain compliance”, 2016/23/N/ST7/01364, Katarzyna Kaczmarska, 2017-2019.
• „Effect of acute hyponatremia associated with vasopressin on the tone of the penetrating arterioles and the middle cerebral artery of the rat”, 2017/01/X/N24/016022017 , Marta Aleksandrowicz, 2017-2018
Collaboration
domestic
• Department of Experimental and Clinical Physiology, Laboratory of Centre for Preclinical Research, Medical University of Warsaw, Warsaw
• Department of Experimental Physiology and Pathophysiology, Laboratory of Centre for Preclinical Research, Medical University of Warsaw, Warsaw
• Department of Neurology, Military Medical Institute, Warsaw
• Department of Neurobiology, Institute of Pharmacology PAS, Krakow
• Laboratory of Animal Models, Nencki Institute of Experimental Biology PAS, Warsaw
• Laboratory of Biomedical Optics, Nalecz Institute of Biocybernetics and Biomedical Engineering PAS, Warsaw
• Department of Neurosurgery, Medical Faculty, Medical University of Warsaw, Warsaw
• Department of Physics of Nanostructures and Nanotechnology, institute of Physics, Jagiellonian University, Krakow
foreign
• Department of Clinical Neurosciences University of Cambridge, Cambridge, UK.
Research equipment
• Two-channels laser-Doppler flowmeter (MOOR Instruments DRT4) with data acquisition station
• Setup for isolated blood vessels studies (Olympus inverted microscope, Masterflex, peristaltic pump, organ chamber)
• Gas anaesthesia system for small animals (Stoelting)
• Small animals respirator (Harvard Apparatus)
• Programmable syringe infusion pump (Harvard Apparatus)
• Blood pressure gauge (Statham-Gould)
• Homeothermic blanket system (Harvard Apparatus)
• Transcranial Doppler (Sonomed)
• Intraoperative ultrasonography with microprobe (Sonomed)
• Posturography platform
Research methods
• Measurement of microflow in cerebral cortex
• Assessment of the reactivity of isolated blood vessels
• Assessment of the neurovascular coupling
• Behavioural tests
• Lumbar infusion test
• Instrumental assessment of gait, posturography
• Noninvasive estimation of cerebral perfusion and metabolism in humans
Selected publications
- Aleksandrowicz M, Kozniewska E. Compromised regulation of the rat brain parenchymal arterioles in vasopressin-associated acute hyponatremia. Microcirculation. 2020 Jun 30. DOI: 10.1111/micc.12644.
- Uryga A, Kaczmarska K, Burzyńska M, Czosnyka M, Kasprowicz M. A comparison of the time constant of the cerebral arterial bed using invasive and non-invasive arterial blood pressure measurements. Physiol Meas. 2020 Jun 11. DOI: 10.1088/1361-6579/ab9bb6.
- Kaczmarska K, Uryga A, Placek MM, Calviello L, Kasprowicz M, Varsos GV, Czosnyka Z, Koźniewska E, Sierzputowski T, Koszewski W, Czosnyka M. Critical closing pressure during experimental intracranial hypertension: comparison of three calculation methods. Neurol Res. 2020;42(5):387-397. DOI: 10.1080/01616412.2020.1733323.
- Onyszkiewicz M, Gawrys-Kopczynska M, Sałagaj M, Aleksandrowicz M, Sawicka A, Koźniewska E, Samborowska E, Ufnal M. Valeric acid lowers arterial blood pressure in rats. Eur J Pharmacol. 2020; 877:173086. DOI: 10.1016/j.ejphar.2020.173086.
- Aleksandrowicz M, Klapczynska K, Kozniewska E. Dysfunction of the endothelium and constriction of the isolated rat's middle cerebral artery in low sodium environment in the presence of vasopressin. Clin Exp Pharmacol Physiol. 2020;47(5):759-764. DOI: 10.1111/1440-1681.13242.
- Onyszkiewicz M, Gawrys-Kopczynska M, Konopelski P, Aleksandrowicz M, Sawicka A, Koźniewska E, Samborowska E, Ufnal M. Butyric acid, a gut bacteria metabolite, lowers arterial blood pressure via colon- vagus nerve signaling and GPR41/43 receptors. Pflugers Arch. 2019; 471(11-12):1441-1453. DOI: 10.1007/s00424-019-02322-y
- Bejm K, Wojtkiewicz S, Sawosz P, Perdziak M, Pastuszak Ż, Sudakou A, Guchek P, Liebert A. Influence of contrast-reversing frequency on the amplitude and spatial distribution of visual cortex hemodynamic responses. Biomed Optic Express. 2019; 12:6296-6312. DOI: 10.1364/BOE.10.006296.
- Uryga A, Kasprowicz M, Calviello L, Diehl RR, Kaczmarska K, Czosnyka M. Assessment of cerebral hemodynamic parameters using pulsatile versus non-pulsatile cerebral blood outflow models. J Clin Monit Comput. 2019, 33(1):85-94. DOI: 10.1007/s10877-018-0136-1.
- Uryga A, Kasprowicz M, Burzynska M, Calviello L, Kaczmarska K, Czosnyka M. Cerebral arterial time constant calculated from the middle and posterior cerebral arteries in healthy subjects. J Clin Monit Comput. 2019, 33 (4): 605-613. DOI: 10.1007/s10877-018-0207-3.
- Czarnecka A, Aleksandrowicz M, Jasiński K, Jaźwiec R, Kalita K, Hilgier W, Zielińska M. Cerebrovascular reactivity and cerebral perfusion of rats with acute liver failure: role of L-glutamine and asymmetric dimethylarginine in L-arginine-induced response. J Neurochem. 2018; 147(5):692-704. DOI: 10.1111/jnc.14578.
- Motyl J, Przykaza L, Boguszewski PM, Kosson P, Strosznajder JB. Pramipexole and Fingolimod exert neuroprotection in a mouse model of Parkinson's disease by activation of sphingosine kinase 1 and Akt kinase. Neuropharmacology. 2018, 135:139-150. DOI: 10.1016/j.neuropharm.2018.02.023.
- Domin H, Przykaza L, Kozniewska E, Boguszewski PM, Śmialowska M. Neuroprotective effect of the group III mGlu receptor agonist ACPT-I after ischemic stroke in rats with essential hypertension. Prog Neuropsychopharmacol Biol Psychiatry. 2018; 84 (Pt A): 93-101. DOI: 10.1016/j.pnpbp.2018.02.006.
- Aleksandrowicz M, Kozniewska E. Effect of vasopressin-induced chronic hyponatremia on the regulation of the middle cerebral artery of the rat. Pflugers Arch. 2018; 470 (7): 1047-1054. DOI: 10.1007/s00424-018-2141-0.
- Pastuszak Z, Stępień A, Kamiński G, Deptuła-Krawczyk E, Trawińska L, Kryszak A. Analysis of growth hormone levels in the blood of patients with drug resistant depression. Pol Arch Intern Med. 2018 ;128(4):263-265. DOI: 10.20452/pamw.4256.
- Pastuszak Ż, Koźniewska E, Stępień A, Piusińska-Macoch A, Czernicki Z, Koszewski W. Importance rating of risk factors of ischemic stroke in patients over 85 years old in the polish population. Neurol Neurochir Pol. 2018; 52(1):88-93 . DOI: 10.1016/j.pjnns.2017.11.007.
- Kaczmarska K, Kasprowicz M, Uryga A, Calviello L, Varsos G, Czosnyka Z, Czosnyka M. Critical closing pressure during controlled increase in intracranial pressure – Comparison of three methods. IEEE Trans Biomed Eng. 2018, 65(3):619-624. DOI: 10.1109/TBME.2017.2707547.
- Aleksandrowicz M, Dworakowska B, Dolowy K, Kozniewska E. Restoration of the response of the middle cerebral artery of the rat to acidosis in hyposmotic hyponatremia by the opener of large-conductance calcium sensitive potassium channels (BKCa). J Cereb Blood Flow Metab. 2017; 37 (9): 3219-3230. DOI: 10.1177/0271678X16685575.
- Domin H, Przykaza Ł, Jantas D, Kozniewska E, Boguszewski PM, Śmiałowska M. Neuropeptide Y Y2 and Y5 receptors as promising targets for neuroprotection in primary neurons exposed to oxygen-glucose deprivation and in transient focal cerebral ischemia in rats. Neuroscience. 2017, 344:305-325. DOI: 10.1016/j.neuroscience.2016.12.040.
- Domin H, Przykaza Ł, Jantas D, Kozniewska E, Boguszewski PM, Śmiałowska M. Neuroprotective potential of the group III mGlu receptor agonist ACPT-I in animal models of ischemic stroke: In vitro and in vivo studies. Neuropharmacology. 2016, 102:276-294. DOI: 10.1016/j.neuropharm.2015.11.025.
Laboratory of Ischemic and Neurodegenerative Brain Research
Head
Prof. Ryszard Pluta, MD, PhD - phone. +48 / 22 60 86 540/469, This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Technical staff
Sławomir Januszewski - phone. +48 22 60 86 469, This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Research profile
• Complete brain ischemia: neuropathology, changes in genome and proteome
• Analysis of genes and proteins associated with Alzheimer's disease after brain ischemia
• Searching for common pathological mechanisms in ischemic brain and Alzheimer's disease
• Development of an ischemic model of Alzheimer's disease
Grants
• Method of producing a standardized rich polyphenolic nutraceutical, for use in the prevention of neurodegenerative diseases. Tango 2. The National Centre for Research and Development. prof. Anna Bogucka-Kocka (Main performer-Prof. R. Pluta) 04.2017-03.2020.
• Looking for the same pathological factors in brain ischemia and Alzheimer's disease: Genes. DEC-2013/09/B/NZ7/01345. National Science Centre. Prof. R. Pluta. 02.2014-02.2017.
Colaboration
domestic
• prof. Stanisław Jerzy Czuczwar, Medical University of Lublin, Lublin.
• prof. Anna Bogucka-Kocka, Medical University of Lublin, Lublin.
• prof. Janusz Kocki, Medical University of Lublin, Lublin.
• prof. Wanda Małgorzata Furmaga-Jabłońska, Medical University of Lublin Lublin.
foreign
• prof. Pavle Andjus, University of Belgrade, Belgrade, Serbia.
Research equipment
• Equipment for conducting experiments on rodents.
Research methods
• An experimental model of complete brain ischemia in the rat.
Selected publications
- Radenovic L, Nenadic M, Ułamek-Kozioł M, Januszewski S, Czuczwar SJ, Andjus PR, Pluta R. Heterogeneity in brain distribution of activated microglia and astrocytes in a rat ischemic model of Alzheimer’s disease after 2 years of survival. Aging (Albany NY). 2020;12:12251-12267.
- Pluta R, Ułamek-Kozioł M, Januszewski S, Czuczwar SJ. Participation of amyloid and tau protein in neuronal death and neurodegeneration after brain ischemia. Int J Mol Sci., 2020;21:4599.
- Pluta R, Ułamek-Kozioł M, Kocki J, Bogucki J, Januszewski S, Bogucka-Kocka A, Czuczwar SJ. Expression of the tau protein and amyloid protein precursor processing genes in the CA3 area of the hippocampus in the ischemic model of Alzheimer's disease in the rat. Mol Neurobiol., 2020;57:1281–1290.
- Pluta R, Ułamek-Kozioł M, Januszewski S, Czuczwar SJ. Shared genomic and proteomic contribution of amyloid and tau protein characteristic of Alzheimer's disease to brain ischemia. Int J Mol Sci., 2020;21:3186.
- Ułamek-Kozioł M, Czuczwar SJ, Januszewski S, Pluta R. Proteomic and genomic changes in tau protein, which are associated with Alzheimer's disease after ischemia-reperfusion brain injury. Int J Mol Sci., 2020;21:892.
- Pluta R (Ed.) Brain ischemia: Alzheimer’s disease mechanisms. Nova Science Publishers, Inc. New York. USA. 2019.
- Ułamek-Kozioł M, Czuczwar SJ, Kocki J, Januszewski S, Bogucki J, Bogucka-Kocka A, Pluta R. Dysregulation of autophagy, mitophagy, and apoptosis genes in the CA3 region of the hippocampus in the ischemic model of Alzheimer's disease in the rat. J Alzheimers Dis., 2019;72:1279-1286.
- Pluta R, Bogucka-Kocka A, Ułamek-Kozioł M, Bogucki J, Januszewski S, Kocki J, Czuczwar SJ. Ischemic tau protein gene induction as an additional key factor driving development of Alzheimer's phenotype changes in CA1 area of hippocampus in an ischemic model of Alzheimer's disease. Pharmacol Rep., 2018;70:881-884.
- Ułamek-Kozioł M, Kocki J, Bogucka-Kocka A, Januszewski S, Bogucki J, Czuczwar SJ, Pluta R. Autophagy, mitophagy and apoptotic gene changes in the hippocampal CA1 area in a rat ischemic model of Alzheimer's disease. Pharmacol Rep., 2017;69:1289-1294.
- Pluta R, Kocki J, Ułamek-Kozioł M, Petniak A, Gil-Kulik P, Januszewski S, Bogucki J, Jabłoński M, Brzozowska J, Furmaga-Jabłońska W, Bogucka-Kocka A, Czuczwar SJ. Discrepancy in expression of β-secretase and amyloid-β protein precursor in Alzheimer-related genes in the rat medial temporal lobe cortex following transient global brain ischemia. J Alzheimers Dis., 2016;51:1023-1031.
- Ułamek-Kozioł M, Kocki J, Bogucka-Kocka A, Petniak A, Gil-Kulik P, Januszewski S, Bogucki J, Jabłoński M, Furmaga-Jabłońska W, Brzozowska J, Czuczwar SJ, Pluta R. Dysregulation of autophagy, mitophagy and apoptotic genes in the medial temporal lobe cortex in an ischemic model of Alzheimer’s disease. J Alzheimers Dis., 2016;54:113-121.
- Pluta R, Kocki J, Ułamek-Kozioł M, Bogucka-Kocka A, Gil-Kulik P, Januszewski S, Jabłoński M, Petniak A, Brzozowska J, Bogucki J, Furmaga-Jabłońska W, Czuczwar SJ. Alzheimer-associated presenilin 2 gene is dysregulated in rat medial temporal lobe cortex after complete brain ischemia due to cardiac arrest. Pharmacol Rep., 2016;68:155-161.
- Kocki J, Ułamek-Kozioł M, Bogucka-Kocka A, Januszewski S, Jabłoński M, Gil-Kulik P, Brzozowska J, Petniak A, Furmaga-Jabłońska W, Bogucki J, Czuczwar SJ, Pluta R. Dysregulation of amyloid precursor protein, β-secretase, presenilin 1 and 2 genes in the rat selectively vulnerable CA1 subfield of hippocampus following transient global brain ischemia. J Alzheimers Dis., 2015;47:1047–1056.
- Pluta R, Jabłoński M, Ułamek-Kozioł M, Kocki J, Brzozowska J, Januszewski S, Furmaga-Jabłońska W, Bogucka-Kocka A, Maciejewski R, Czuczwar SJ. Sporadic Alzheimer's disease begins as episodes of brain ischemia and ischemically dysregulated Alzheimer's disease genes. Mol Neurobiol., 2013;48:500-515.
- Pluta R, Furmaga-Jabłońska W, Maciejewski R, Ułamek-Kozioł M, Jabłoński M. Brain ischemia activates β- and γ-secretase cleavage of amyloid precursor protein: Significance in sporadic Alzheimer’s Disease. Mol Neurobiol., 2013;47:425-434.
- Sekeljic V, Bataveljic D, Stamenkovic S, Ułamek M, Jabłoński M, Radenovic L, Pluta R, Andjus PR. Cellular markers of neuroinflammation and neurogenesis after ischemic brain injury in the long-term survival rat model. Brain Struct Funct., 2012;217:411-420.
- Kiryk A, Pluta R, Figiel I, Mikosz M, Ułamek M, Niewiadomska G, Jabłoński M, Kaczmarek L. Transient brain ischemia due to cardiac arrest causes irreversible long-lasting cognitive injury. Behav Brain Res., 2011;219:1-7.
- Jabłoński M, Maciejewski R, Januszewski S, Ułamek M, Pluta R. One year follow up in ischemic brain injury and the role of Alzheimer factors. Physiol Res., 2011;60(Suppl. 1.): S113-S119.
- Pluta R, Januszewski S, Jabłoński M, Ułamek M. Factors in creepy delayed neuronal death in hippocampus following brain ischemia-reperfusion injury with long-term survival. Acta Neurochir., 2010;106(Suppl.):37-41.
- Pluta R, Ułamek M, Jabłoński M. Alzheimer’s mechanisms in ischemic brain degeneration. Anat Rec., 2009;292:1863-1881.
- Pluta R (Ed.) Ischemia-reperfusion pathways in Alzheimer’s disease. Nova Science Publishers, Inc. New York. USA. 2007.
Laboratory of human disease multiomics
Laboratories B517-B520
Head
Dawid Walerych PhD Hab., phone: +48 22 60 86 641, This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Research staff
Maria Grześ PhD, phone: +48 22 60 86 641, This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Magdalena Oroń PhD, phone: +48 22 60 86 641, This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Qais Ahmad Naseer, PhD, phone: +48 22 60 86 641, This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
PhD students
Akanksha Jaiswar MSc Eng. (bioinformatics), phone: +48 22 60 86 641, This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Luca Gazzola MSc, phone: +48 22 60 86 641, This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Marcin Grochowski MSc, phone: +48 22 60 86 641, This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Undergraduate students
Justyna Legierska, phone: +48 22 60 86 641
Research profile
• Understanding molecular processes leading to human diseases, by using molecular large-scale analyses.
• Molecular programs of driver oncogenes in human neoplasias (mutant TP53, K/H/N-RAS, EGFR, PI3KCA, hyperactive C/N-MYC, CTNNB1, HSP90/HSP70/HSP4, the cellular proteasome machinery).
• Using a variety of large-scale omics methods (e.g. transcriptomics and proteomics) in conjunction with low-scale validation methods – leading to uncovering functional mechanisms of molecular pathways driven by the oncogenes and possibilities of exploiting them therapeutically in pre-clinical drug tests in human cancer models.
Grants
• „Influence of oligmierization ononcogenic activity of p53 mutant variants”, Miniatura NCN 2017/01/X/NZ3/01772, manager Dawid Walerych, 01-12.2018
• „Identification of the proteasome machinery targets in human cancer”, Marie-Curie Individual Fellowship Komisji Europejskiej H2020/795441, manager Dawid Walerych, 2018-2020
• „Proteomic identification and therapeutic use of the proteasome machinery targets in human cancer”, Opus NCN 2017/25/B/NZ5/01343, manager Dawid Walerych, 2018-2021
• „Multi-onco-map: a multi-omic map of major oncogene function in cancer”, Sonata Bis NCN 2017/26/E/NZ5/00663, manager Dawid Walerych, 2018-2022
Collaboration
domestic
• Central Clinical Hospital of Ministry of Interior and Administration, Warsaw
• National Center of Oncology, Warsaw
• Warsaw Medical University, Warsaw
foreign
• Max Planck Institute of Biochemistry, Martinsired, Germany
• ICEGB institute and University of Trieste, Italy
Research equipment
• Diagenode Sonicator
• Lumistar Galaxy Luminometer
• Electronic cell router Countess II
Research methods
• Obtaining, analysis and overlap of multi-omics data (genomics, transcriptomics, proteomics and metabolomics)
• Functional molecular in vitro research on oncogenes and molecular reprogramming of cancer cells – using genetics (e.g. CRISPR-Cas9), biochemistry and cell biology
• Research on phenotypes of cells undergoing genetic manipulation or drug treatment in vitro – viability, migration, invasion, 2D/3D colony formation, 3D growth, organotypic structure formation, angiogenesis
• Establishing and analysis of cancer patient material bio-bank (tumors, healthy tissue margins, blood samples) for use in validation and association studies
• Establishing and use tumor-derived organoid cultures
• Testing of anti-tumor therapeutic methods in vitro (cell lines, organoids) and in vivo (cell line- and organoid-derived xenografts).
Selected publications
- Grzes, M., Oron, M., Staszczak, Z., Jaiswar, A., Nowak-Niezgoda, M., and Walerych, D.* (2020). A Driver Never Works Alone-Interplay Networks of Mutant p53, MYC, RAS, and Other Universal Oncogenic Drivers in Human Cancer. Cancers 12, (2020).
- Walerych D*, Pruszko M, Zyla L, Wezyk M, Gaweda-Walerych K, Zylicz A. Wild-type p53 oligomerizes more efficiently than p53 hot-spot mutants and overcomes mutant p53 gain-of-function via a “dominant-positive” mechanism. Oncotarget. 9: 32063-80, (2018).
- Lisek, K., Campaner, E., Ciani, Y., Walerych, D.* & Del Sal, G.* Mutant p53 tunes the Nrf2-dependent antioxidant response to support survival of cancer cells. Oncotarget 9, 20508-20523, (2018).
Selected earlier publications of laboratory employees, since 2016: - Visone, R., Bacalini, M. G., Di Franco, S., Ferracin, M., Colorito, M. L., Pagotto, S., Laprovitera, N., Licastro, D., Di Marco, M., Scavo, E., Grzes M., et al. (2019). DNA methylation of shelf, shore and open sea CpG positions distinguish high microsatellite instability from low or stable microsatellite status colon cancer stem cells. Epigenomics 11, 587-604, (2019).
- Laprovitera N, Grzes M, Porcellini E, Ferracin M. Cancer Site-Specific Multiple microRNA Quantification by Droplet Digital PCR. Front Oncol. 15 (8):447, (2018)
- Donzelli S, Milano E, Puszko M, Sacconi A, Masciarelli S, Iosue I, Melucci E, Gallo E, Terrenato I, Mottolese M, Zylicz M, Zylicz A, Fazi F, Blandino G, Fontemaggi G. Expression of ID4 protein in breast cancer cells induces reprogramming of tumour-associated macrophages. Breast Cancer Res. 20(1):59, (2018).
- Pruszko, M., Milano, E., Zylicz, A., Zylicz, M., Blandino, G. & Fontemaggi, G. Zebrafish as experimental model to establish the contribution of mutant p53 and ID4 to breast cancer angiogenesis in vivo. J Thorac Dis 10, E231-E233, (2018).
- Mantovani, F., Walerych, D. & Sal, G. D. Targeting mutant p53 in cancer: a long road to precision therapy. FEBS J 284, 837-850, (2017).
- Tosi, A., Dalla Santa, S., Cappuzzello, E., Marotta, C., Walerych, D., Del Sal, G., Zanovello, P., Sommaggio, R. & Rosato, A. Identification of a HLA-A*0201-restricted immunogenic epitope from the universal tumor antigen DEPDC1. Oncoimmunology 6, e1313371, (2017).
- Pruszko, M., Milano, E., Forcato, M., Donzelli, S., Ganci, F., Di Agostino, S., De Panfilis, S., Fazi, F., Bates, D. O., Bicciato, S., Zylicz, M., Zylicz, A., Blandino, G. & Fontemaggi, G. The mutant p53-ID4 complex controls VEGFA isoforms by recruiting lncRNA MALAT1. EMBO Rep 18, 1331-1351, (2017).
- Garibaldi, F., Falcone, E., Trisciuoglio, D., Colombo, T., Lisek, K., Walerych, D., Del Sal, G., Paci, P., Bossi, G., Piaggio, G. & Gurtner, A. Mutant p53 inhibits miRNA biogenesis by interfering with the microprocessor complex. Oncogene 35, 3760-3770, (2016).
- Walerych, D., Lisek, K., Sommaggio, R., Piazza, S., Ciani, Y., Dalla, E., Rajkowska, K., Gaweda-Walerych, K., Ingallina, E., Tonelli, C., Morelli, M. J., Amato, A., Eterno, V., Zambelli, A., Rosato, A., Amati, B., Wisniewski, J. R. & Del Sal, G. Proteasome machinery is instrumental in a common gain-of-function program of the p53 missense mutants in cancer. Nat Cell Biol 18, 897-909, (2016).