PhD students

Head of PhD Programme:  Joanna Sypecka MD PhD MMRI Prof.

Department of Restorative Neurobiology
phone (+48) 22 60 86 508, This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Room B123

PhD Student Affairs Office: Aleksandra Bilmin MA Eng.
Administration Office
phone (+48) 22 60 86 453, This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Room B114 

HELPFUL INFORMATION & DOCUMENTS

Doctoral Schools:
- DOCTORAL SCHOOL OF INFORMATION AND BIOMEDICAL TECHNOLOGIES POLSH ACADEMY OF SCIENCES
- DOCTORAL SCHOOL OF TRANSLATIONAL MEDICINE

Accessibility Officer: Aleksandra Krzosek

tel. +48 22 60 86 490, email: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. , room D101

Office hours:

  • Monday 1:30 PM - 2:30 PM
  • Tuesday 11:00 AM - 12:00 PM
  • Wednesday 10:00 AM - 11:00 AM
  • Thursday 1:00 PM - 2:00 PM
  • Friday 2:00 PM - 3:00 PM

Online meetings (Google Meet) are available after prior chat contact.

Other meeting times are also available by appointment. Assistance is available to all doctoral candidates, doctoral students, and employees who require support.
We invite all interested parties to our office hours and encourage them to use the Accessibility Officer's assistance.

The activities of Accessibility Officer focus on:

  • accessibility of the doctoral education process and the implementation of research, doctoral students, and accessibility of recruitment to doctoral schools,
  • accessibility of the Institute for employees,
  • accessibility of MMRI PAS within the scope specified in the Act on Ensuring Accessibility for Persons with Special Needs, i.e., architectural, information and communication, and digital accessibility – in cooperation with the relevant coordinators and the Head of Doctoral School.

 RECRUITMENT - Projects within Doctoral School of Translational Medicine
 Recruitment documents - CLICK HERE

Numer projektu / Project number: 2025/59/B/NZ5/01884

1. Promotor (Supervisor): prof. dr hab. Magdalena Zielińska

2. Adres e-mail promotora (Supervisor’s email): This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

3. Promotor pomocniczy (jeśli dotyczy) (Auxiliary supervisor, if applicable): dr Marta Obara-Michlewska (This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.)

4. Jednostka naukowa (Research unit): Zakład Neurotoksykologii / Department of Neurotoxicology

5. Tytuł projektu (angielski) (Project title – English): Molecular and metabolic consequences of glutamine synthetase mutations: from impaired glutamine homeostasis to mitochondrial dysfunction and epileptogenesis

6. Tytuł projektu (polski) (Project title – Polish): Molekularne i metaboliczne konsekwencje mutacji syntetazy glutaminy: od zaburzeń homeostazy glutaminy do dysfunkcji mitochondrialnej i epileptogenezy

7. Dyscyplina naukowa (Scientific discipline): Nauki medyczne / Medical sciences

8. Opis projektu po polsku i angielsku (Project description in Polish and English):

Syntetaza glutaminy (GS; EC 6.3.1.2; GLUL) jest enzymem katalizującym ATP-zależną ligację L-glutaminianu i amoniaku do L-glutaminy, będącą główną drogą detoksykacji neurotoksycznego amoniaku w mózgu, i niezbędnym elementem cyklu glutaminian/GABA–glutamina podtrzymującego neurotransmisję. Niedawno zidentyfikowany wariant de novo z utratą kodonu startowego GLUL powoduje encefalopatię rozwojową. Niniejszy projekt koncentruje się na komórkowo-metabolicznym aspekcie działania zmutowanego białka GSΔN. Celem projektu jest kompleksowe określenie, w jaki sposób wariant GS (GSΔN): (1) zmienia właściwości biochemiczne i dynamikę strukturalną enzymu; (2) zaburza metabolizm, w tym funkcję mitochondriów, przepływy metaboliczne glutaminy/amoniaku i bilans neurotransmiterów; oraz (3) przyczynia się do fenotypu padaczkowego, weryfikowanego w modelu mysim i modelu danio pręgowanego. Poprzez integrację metod biochemicznych, metabolomiki z izotopowym śledzeniem przemian metabolitów, bioenergetyki mitochondriów oraz analiz in vivo, projekt pozwoli wyjaśnić, w jaki sposób stres metaboliczny przyczynia się do obniżenia progu drgawkowego i fenotypu padaczkowego w komplementarnych modelach in vivo (mysz, danio pręgowany) oraz umożliwi mechanistyczną interpretację hiperamonemii i epileptogenezy u pacjentów z daną mutacją.

Glutamine synthetase (GS; EC 6.3.1.2; GLUL) catalyzes the ATP-dependent conversion of L-glutamate and ammonia into L-glutamine. This reaction represents the major pathway for detoxification of neurotoxic ammonia in the brain and is an essential component of the glutamate/GABA–glutamine cycle that sustains neurotransmission. A recently identified de novo GLUL variant resulting in the loss of the translation initiation codon causes developmental encephalopathy. This project focuses on the cellular and metabolic consequences of the mutant GSΔN protein. The aim is to comprehensively determine how the GSΔN variant: (1) alters the biochemical properties and structural dynamics of glutamine synthetase; (2) disrupts cellular metabolism, including mitochondrial function, glutamine and ammonia metabolic fluxes, and neurotransmitter homeostasis; and (3) contributes to the development of an epileptic phenotype, which will be investigated in complementary mouse and zebrafish models. By integrating biochemical analyses, isotope tracing-based metabolomics, mitochondrial bioenergetics, and in vivo studies, the project will elucidate how metabolic stress contributes to lowering the seizure threshold and the development of an epileptic phenotype in complementary mouse and zebrafish models. It will also provide a mechanistic understanding of hyperammonemia and epileptogenesis in patients carrying this GLUL mutation.

10. Wybrana literatura (Relevant literature):

Do 3 pozycji: autorzy, tytuł, czasopismo, rok, DOI/link. / Up to 3 items: authors, title, journal, year, DOI/link.

1. Jones, A.G.; Aquilino, M.; Tinker, R.J.; Duncan, L.; Jenkins, Z.; Carvill, G.L.; DeWard, S.J.; Grange, D.K.; Hajianpour, M.; Halliday, B.J.; et al. Clustered de Novo Start-Loss Variants in GLUL Result in a Developmental and Epileptic Encephalopathy via Stabilization of Glutamine Synthetase. The American Journal of Human Genetics 2024, 111, 729–741, doi:10.1016/j.ajhg.2024.03.005.

2. Zielińska, M.; Dąbrowska, K.; Hadera, M.G.; Sonnewald, U.; Albrecht, J. System N Transporters Are Critical for Glutamine Release and Modulate Metabolic Fluxes of Glucose and Acetate in Cultured Cortical Astrocytes: Changes Induced by Ammonia. J Neurochem 2016, 136, 329–338, doi:10.1111/jnc.13376.

3. Pawlik, M.; Czarnecka, A.M.; Kołodziej, M.; Skowrońska, K.; Węgrzynowicz, M.; Podgajna, M.; Czuczwar, S.J.; Albrecht, J. Attenuation of Initial Pilocarpine-Induced Electrographic Seizures by Methionine Sulfoximine Pretreatment Tightly Correlates with the Reduction of Extracellular Taurine in the Hippocampus. Epilepsia 2023, 64, 1390–1402, doi:10.1111/epi.17554.

11. Wymagania wobec kandydatów (Candidate requirements):

  • posiadanie tytułu magistra (lub równorzędnego) w zakresie nauk medycznych, biologicznych lub pokrewnych
  • doświadczenie w pracy laboratoryjnej i znajomość podstawowych technik z zakresu biochemii, biologii molekularnej, biologii komórki i obrazowania mikroskopowego
  • doświadczenie w prowadzeniu hodowli komórkowych
  • doświadczenie w pracy na modelach in vivo
  • atutem będzie znajomość modelowania i symulacji dynamiki molekularnej
  • samodzielność i dobra organizacja pracy
  • kreatywność, umiejętność pracy indywidualnej i zespołowej
  • bardzo dobra znajomość języka angielskiego w mowie i w piśmie
  • chęć uczenia się i podejmowania nowych wyzwań
  • dodatkowym atutem będzie dorobek naukowy udokumentowany publikacjami z listy JCR lub udział w konferencjach krajowych i zagranicznych

  • Required: Master's degree (or equivalent) in medical, biological or related sciences
  • Experience in laboratory work and familiarity with basic techniques in biochemistry, molecular biology, cell biology, and/or microscopy imaging
  • Experience in cell culture maintenance
  • Experience in working with in vivo models
  • Knowledge of molecular dynamics modeling and simulation would be an asset
  • Independence and strong organizational skills
  • Creativity and the ability to work both independently and as part of a team
  • Very good command of English, spoken and written
  • Willingness to learn and take on new challenges
  • Additional asset: scientific achievements documented by publications in JCR-listed journals or participation in national and international conferences

12. Wysokość stypendium (Scholarship amount):

Stypendium przed oceną śródokresową (1-2): 4 276,07 zł brutto; Stypendium po ocenie śródokresowej (3-4): 5 558,88  zł brutto

Scholarship before mid-term evaluation (1-2): PLN 4 276,07 gross; Scholarship after mid-term evaluation (3-4): PLN 5 558,88 gross

13. Liczba dostępnych miejsc (Number of positions available): 1 miejsce / 1 PhD position

Rekrutacja trwa do 22 września 2026 r. | Recruitment lasts until September 22nd, 2026.