Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. Mirosława Mossakowskiego

Polskiej Akademii Nauk w Warszawie

poszukuje kandydata na stanowisko

typu post-doc (adiunkt)

Rekrutacja dotyczy projeku OPUS22 „Wielo-skalowa metoda składania włókien amyloidowych przy użyciu struktur protofilamentów przewidzianych na podstawie grubo-ziarnistych symulacji dokowania” finansowanego przez NCN realizowanego w Pracowni Bioinformatyki IMDiK.

Miejsce pracy: Warszawa
Dyscyplina naukowa: nauki medyczne
Data ogłoszenia: 23.09.2022
Termin składania ofert: 04.10.2022
Link do strony: www.imdik.pan.pl
Dokumenty należy przesłać na adres: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
Słowa kluczowe: modelowanie wielo-skalowe, włókno amyloidowe, giętkie dokowanie, agregacja peptydów, dynamika molekularna, dokowanie peptydów, przewidywanie struktury protofilamentów, CABS-dock

Informacja o badaniach naukowych, w których kandydat/-tka miałby/miałaby uczestniczyć:

Celem projektu jest opracowanie nowego protokołu modelowania wielo-skalowego, który umożliwi szybkie symulacje komputerowe procesu składania włókien amyloidowych, oraz przewidywanie nie tylko struktur dojrzałych włókien, ale także struktur pośrednich, powstających podczas procesu agregacji. Nowa procedura obliczeniowa rozpocznie się od serii bardzo wydajnych, grubo-ziarnistych symulacji dokowania molekularnego łańcuchów peptydowych, prowadzących do tworzenia struktur protofilamentów. Wykorzystanie modelowania grubo-ziarnistego pozwoli na badania obliczeniowe znacznie większych układów molekularnych niż jest to obecnie możliwe w przypadku klasycznych metod dynamiki molekularnej.

Opis czynności w ramach stanowiska pracy:
• samodzielne planowanie i prowadzenie badań naukowych opisanych w harmonogramie projektu (implementacja więzów przestrzennych dla dokowanych peptydów, wykonanie dokowań w układach wielo-peptydowych, rekonstrukcja modeli gruboziarnistych do struktur pełno atomowych, optymalizacja metody do oceny modeli protofilamentów),
• pisanie publikacji naukowych, raportów, przygotowanie wystąpień konferencyjnych,
• udział w konferencjach naukowych związanych z tematyką projektu.

Wymagania konieczne:
• stopień doktora nauk chemicznych, biologicznych, fizycznych lub pokrewnych,
• bardzo dobra znajomość metod modelowania molekularnego: modelowania porównawczego, metod dynamiki molekularnej, dokowania ligandów, przewidywania struktury przestrzennej białek,
• doświadczenie w korzystaniu z jednego lub więcej programów do wizualizacji układów molekularnych (np. VMD, PyMOL, Chimera, YASARA),
• biegła znajomość języka angielskiego,
• umiejętność programowania w jednym z następujących jezyków: Python, C++,
• udokumentowany dorobek naukowy,
• doświadczenie w korzystaniu z programu CABS-dock.

Wymagania dodatkowe (mile widziane):
• praktyczne doświadczenie w korzystaniu z programu GROMACS do przeprowadzania symulacji MD,
• publikacje naukowe z zakresu agregacji białek i fibryli amyloidowych,
• praktyczne doświadczenie w stosowaniu narzędzi do modelowania molekularnego (np. Rosetta, Modeller,
• clustalW, MOE, CABS, AutoDock, GOLD, AlphaFold).

Oferujemy:
• zatrudnienie w formie umowy o pracę na pełny etat w okresie październik 2022 – październik 2024 (24 miesięcy),
• wynagrodzenie w wysokości 7800 PLN brutto/miesiąc (około 6000 PLN netto/miesiąc),
• możliwość prezentacji wyników badań na międzynarodowych konferencjach naukowych.

Składanie dokumentów:
Osoby zainteresowane prosimy o przesyłanie dokumentów podpisanych przez Kandydata: list motywacyjny oraz CV, z podaniem numeru postępowania: PBI-111-01/2022 na adres kierownika projektu: dr Michał Koliński Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. do 04.10.2022.

Prosimy o złożenie następujących dokumentów:
• listu motywacyjnego zawierającego informacje o zainteresowaniach naukowych, pracy naukowej,
o udziale w realizacji projektów badawczych,
• życiorysu zawierającego informację o wykształceniu, dotychczasowym doświadczeniu zawodowym, dorobku naukowym, listę publikacji, doniesień zjazdowych, odbytych staży i szkoleń,
• kopii dyplomu potwierdzającego posiadanie wymaganego stopnia naukowego doktora,
• rekomendacji (opcjonalnie).

Osoby zainteresowane mogą uzyskać dodatkowe informacje kontaktując się z kierownikiem projektu, Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

Przewidywany termin rozmowy kwalifikacyjnej: 14.10.2022
Przewidywany termin rozstrzygnięcia naboru: 21.10.2022
Przewidywany termin objęcia stanowiska: 28.10.2022

Klauzula informacyjna dotycząca przetwarzania danych osobowych.
Zgodnie z art. 13 Rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r. w sprawie ochrony osób fizycznych w związku z przetwarzaniem danych osobowych i w sprawie swobodnego przepływu takich danych oraz uchylenia dyrektywy 95/46/WE (ogólne rozporządzenie o ochronie danych) dalej zwanym RODO, informujemy, że:
 Administratorem danych osobowych jest Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. Mirosława Mossakowskiego Polskiej Akademii Nauk, 02-106 Warszawa, ul. A. Pawińskiego 5 (zwany dalej IMDiK PAN).
 W IMDiK PAN wyznaczono Inspektora Ochrony Danych, z którym można skontaktować się pod adresem mailowym: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. lub przesyłając list na adres IMDiK PAN.
 Dane osobowe będą przetwarzane w celu przeprowadzenia przez IMDiK PAN postępowania rekrutacyjnego/konkursu na stanowisko wskazane w ogłoszeniu, zakończonego ewentualnym zawarciem umowy.
 Dane osobowe będą przetwarzane na podstawie obowiązku prawnego administratora, o którym mowa w art. 22' Kodeksu pracy (art. 6 ust. 1 lit. c RODO). Pozostałe dane będą przetwarzane na podstawie Pani/Pana dobrowolnej zgody (art. 6 ust. 1 lit. a RODO), rozumianej jako przesłanie zgłoszenia rekrutacyjnego/konkursowego do IMDiK PAN, a ich podanie nie ma wpływu na możliwość udziału w rekrutacji/konkursie. Jeżeli nie chce Pani/Pan, abyśmy przetwarzali dodatkowe dane, prosimy o nieumieszczanie ich w dokumentach.
 Zgłaszając swoją kandydaturę wyraża Pani/Pan zgodę na to, że w przypadku wygrania rekrutacji/konkursu Pani/Pana imię i nazwisko wraz z informacją o rekomendacji do zatrudnienia zostanie zamieszczone na stronie internetowej IMDiK PAN.
 Zgłoszenia kandydatów niewybranych w danej rekrutacji/konkursie zawierające dane osobowe, będą przetwarzane maksymalnie do miesiąca od zakończenia procesu rekrutacji, a następnie zostaną usunięte.
 Odbiorcami danych osobowych mogą być podmioty świadczące obsługę administracyjno-organizacyjną oraz podmioty uprawnione.
 W granicach i na zasadach określonych w RODO przysługuje Pani/Panu prawo żądania dostępu do swoich danych osobowych, ich sprostowania, usunięcia lub ograniczenia przetwarzania a także prawo do złożenia oświadczenia o cofnięciu zgody na przetwarzanie danych osobowych w każdym czasie. Cofnięcie zgody nie ma wpływu na zgodność z prawem przetwarzania, którego dokonano na podstawie zgody przed jej cofnięciem, jak również na przetwarzanie danych, które administrator przetwarza na podstawie innych przepisów.
 Posiada Pani/Pan prawo wniesienia skargi do Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych (ul. Stawki 2, 00-193 Warszawa).