Jednym z obszarów aktywności naukowo-badawczej Instytutu jest realizacja różnego rodzaju projektów finansowanych zarówno ze źródeł zagranicznych jak i krajowych. Projekty finansowane są z funduszy unijnych i międzynarodowych programów badawczych, a także ze środków krajowych na podstawie umów zawartych m.in. z Narodowym Centrum Nauki, Narodowym Centrum Badań i Rozwoju oraz Ministerstwem Edukacji i Nauki. Rocznie w Instytucie realizowanych jest około 50 takich projektów przez różne jednostki naukowe: zakłady, pracownie, zespoły kliniczno – badawcze, laboratoria środowiskowe i platformy badawcze. Prowadzone są również badania mające na celu utrzymanie potencjału badawczego i rozwój młodych naukowców oraz inne projekty finansowane z różnorodnych instrumentów finansowych, np. przez podmioty prywatne.