Pracownia Multiomiki Chorób Człowieka

Pomieszczenia B517-B520

Kierownik
Dr hab. Dawid Walerych, 22 608 66 41, Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. ; pokój B-522
Pracownicy naukowi
Dr Maria Grześ, 22 608 66 41, Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
Dr Magdalena Oroń, 22 608 66 41, Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

Doktoranci
Mgr inż. Akanksha Jaiswar (bioinformatyka), 22 608 66 41, Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
Mgr Luca Gazzola, 22 608 66 41, Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
Mgr Marcin Grochowski, 22 608 66 41, Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
Magistranci
Justyna Legierska, 22 608 66 41

Profil badawczy

  • Uzyskiwanie, opracowanie i nakładanie danych z wysokoskalowych doświadczeń omicznych (genomika, tanskryptomika, proteomika, metabolomika)
  • Molekularne badania funkcjonalne in vitro nad onkogenami (zmutowany TP53, K/H/N-RAS, EGFR, PI3KCA, hiperaktywnego C/N-MYC, CTNNB1, HSP90/HSP70/HSP40 czy komórkowa maszynerii proteasomu) i kontrolowanymi przez nie procesami w ludzkich nowotworach
  • Fenotypowe badania komórek poddanych manipulacjom genetycznym/potraktowanych lekami in vitro
  • Prowadzenie i analiza bazy mrożonego materiału od pacjentów chorób nowotworowych (guzy, tkanka zdrowa, krew) do stosowania w badaniach walidacyjnych i asocjacyjnych 

Granty

  • „Wpływ oligomeryzacji na onkogenną aktywność mutantów p53”, Miniatura NCN 2017/01/X/NZ3/01772, kier. Dawid Walerych, 01-12.2018
  • „Identification of the proteasome machinery targets in human cancer”, Marie-Curie Individual Fellowship Komisji Europejskiej H2020/795441, kier. Dawid Walerych, 2018-2020
  • „Identyfikacja i terapeutyczne wykorzystanie szlaków molekularnych regulowanych przez proteasom w chorobach nowotworowych człowieka”, Opus NCN 2017/25/B/NZ5/01343, kier. Dawid Walerych, 2018-2021
  • „Multi-onko-mapa: mapowanie funkcji wiodących onkogenów w chorobach nowotworowych człowieka metodami multi-omiki”, Sonata Bis NCN 2017/26/E/NZ5/00663, Dawid Walerych, 2018-2022 

Współpraca krajowa

  • Centralny Szpital Kliniczny MSWiA, Warszawa
  • Narodowe Centrum Onkologii, Warszawa
  • Warszawski Uniwersytet Medyczny, Warszawa 

Współpraca zagraniczna

  • Instytut Biochemii Maxa Plancka, Martinsried, Niemcy
  • Instytut ICEGB i Uniwersytet w Trieście, Włochy 

Aparatura

  • Sonikator bezdotykowy Diagenode
  • Luminometr Lumiastr Galaxy
  • Elektroniczny licznik komórek Countess II 

Metody badawcze

  • Uzyskiwanie, opracowanie i nakładanie danych z wysokoskalowych doświadczeń omicznych (genomika, tanskryptomika, proteomika, metabolomika)
  • Molekularne metody genetyczne (np. CRISPR-Cas9), biochemiczne, biologia komórki, mikroskopia konfokalna
  • Hodowla komórek i tkanek in vitro: testy żywotności, migracji, inwazji, tworzenia kolonii 2D/3D, wzrostu w warunkach 3D, tworzenia struktur oragnotypowych, angiogenezy
  • Uzyskiwanie i zastosowanie do celów badawczych hodowli oragnoidowych z nowotworów
  • Testowanie antynowotworowych metod terapeutycznych na materiale in vitro (linie komórkowe, organoidy) oraz in vivo (heretroprzeszczepy z linii komórkowych i organoidów) 

Wybrane publikacje

  • Grzes, M., Oron, M., Staszczak, Z., Jaiswar, A., Nowak-Niezgoda, M., and Walerych, D.* (2020). A Driver Never Works Alone-Interplay Networks of Mutant p53, MYC, RAS, and Other Universal Oncogenic Drivers in Human Cancer. Cancers 12, (2020).
  • Walerych D*, Pruszko M, Zyla L, Wezyk M, Gaweda-Walerych K, Zylicz A. Wild-type p53 oligomerizes more efficiently than p53 hot-spot mutants and overcomes mutant p53 gain-of-function via a “dominant-positive” mechanism. Oncotarget. 9: 32063-80, (2018).
  • Lisek, K., Campaner, E., Ciani, Y., Walerych, D.* & Del Sal, G.* Mutant p53 tunes the Nrf2-dependent antioxidant response to support survival of cancer cells. Oncotarget 9, 20508-20523, (2018). 

Wybrane wcześniejsze publikacje pracowników od 2016 roku

  • Visone, R., Bacalini, M. G., Di Franco, S., Ferracin, M., Colorito, M. L., Pagotto, S., Laprovitera, N., Licastro, D., Di Marco, M., Scavo, E., Grzes M., et al. (2019). DNA methylation of shelf, shore and open sea CpG positions distinguish high microsatellite instability from low or stable microsatellite status colon cancer stem cells. Epigenomics 11, 587-604, (2019).
  • Laprovitera N, Grzes M, Porcellini E, Ferracin M. Cancer Site-Specific Multiple microRNA Quantification by Droplet Digital PCR. Front Oncol. 15 (8):447, (2018)
  • Donzelli S, Milano E, Puszko M, Sacconi A, Masciarelli S, Iosue I, Melucci E, Gallo E, Terrenato I, Mottolese M, Zylicz M, Zylicz A, Fazi F, Blandino G, Fontemaggi G. Expression of ID4 protein in breast cancer cells induces reprogramming of tumour-associated macrophages. Breast Cancer Res. 20(1):59, (2018).
  • Pruszko, M., Milano, E., Zylicz, A., Zylicz, M., Blandino, G. & Fontemaggi, G. Zebrafish as experimental model to establish the contribution of mutant p53 and ID4 to breast cancer angiogenesis in vivo. J Thorac Dis 10, E231-E233, (2018).
  • Mantovani, F., Walerych, D. & Sal, G. D. Targeting mutant p53 in cancer: a long road to precision therapy. FEBS J 284, 837-850, (2017).
  • Tosi, A., Dalla Santa, S., Cappuzzello, E., Marotta, C., Walerych, D., Del Sal, G., Zanovello, P., Sommaggio, R. & Rosato, A. Identification of a HLA-A*0201-restricted immunogenic epitope from the universal tumor antigen DEPDC1. Oncoimmunology 6, e1313371, (2017).
  • Pruszko, M., Milano, E., Forcato, M., Donzelli, S., Ganci, F., Di Agostino, S., De Panfilis, S., Fazi, F., Bates, D. O., Bicciato, S., Zylicz, M., Zylicz, A., Blandino, G. & Fontemaggi, G. The mutant p53-ID4 complex controls VEGFA isoforms by recruiting lncRNA MALAT1. EMBO Rep 18, 1331-1351, (2017).
  • Garibaldi, F., Falcone, E., Trisciuoglio, D., Colombo, T., Lisek, K., Walerych, D., Del Sal, G., Paci, P., Bossi, G., Piaggio, G. & Gurtner, A. Mutant p53 inhibits miRNA biogenesis by interfering with the microprocessor complex. Oncogene 35, 3760-3770, (2016).
  • Walerych, D., Lisek, K., Sommaggio, R., Piazza, S., Ciani, Y., Dalla, E., Rajkowska, K., Gaweda-Walerych, K., Ingallina, E., Tonelli, C., Morelli, M. J., Amato, A., Eterno, V., Zambelli, A., Rosato, A., Amati, B., Wisniewski, J. R. & Del Sal, G. Proteasome machinery is instrumental in a common gain-of-function program of the p53 missense mutants in cancer. Nat Cell Biol 18, 897-909, (2016).