Rekrutacja

Rekrutacja do Szkoły Doktorskiej Medycyny Translacyjnej 
(we współpracy z Centrum Medycznego Kształcenia Podyplomowego)

Dokumenty rekrutacyjne: TUTAJ

Numer projektu / Project number: 2025/59/B/NZ5/01884

1. Promotor (Supervisor): prof. dr hab. Magdalena Zielińska

2. Adres e-mail promotora (Supervisor’s email): Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

3. Promotor pomocniczy (jeśli dotyczy) (Auxiliary supervisor, if applicable): dr Marta Obara-Michlewska (Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.)

4. Jednostka naukowa (Research unit): Zakład Neurotoksykologii / Department of Neurotoxicology

5. Tytuł projektu (angielski) (Project title – English): Molecular and metabolic consequences of glutamine synthetase mutations: from impaired glutamine homeostasis to mitochondrial dysfunction and epileptogenesis

6. Tytuł projektu (polski) (Project title – Polish): Molekularne i metaboliczne konsekwencje mutacji syntetazy glutaminy: od zaburzeń homeostazy glutaminy do dysfunkcji mitochondrialnej i epileptogenezy

7. Dyscyplina naukowa (Scientific discipline): Nauki medyczne / Medical sciences

8. Opis projektu po polsku i angielsku (Project description in Polish and English):

Syntetaza glutaminy (GS; EC 6.3.1.2; GLUL) jest enzymem katalizującym ATP-zależną ligację L-glutaminianu i amoniaku do L-glutaminy, będącą główną drogą detoksykacji neurotoksycznego amoniaku w mózgu, i niezbędnym elementem cyklu glutaminian/GABA–glutamina podtrzymującego neurotransmisję. Niedawno zidentyfikowany wariant de novo z utratą kodonu startowego GLUL powoduje encefalopatię rozwojową. Niniejszy projekt koncentruje się na komórkowo-metabolicznym aspekcie działania zmutowanego białka GSΔN. Celem projektu jest kompleksowe określenie, w jaki sposób wariant GS (GSΔN): (1) zmienia właściwości biochemiczne i dynamikę strukturalną enzymu; (2) zaburza metabolizm, w tym funkcję mitochondriów, przepływy metaboliczne glutaminy/amoniaku i bilans neurotransmiterów; oraz (3) przyczynia się do fenotypu padaczkowego, weryfikowanego w modelu mysim i modelu danio pręgowanego. Poprzez integrację metod biochemicznych, metabolomiki z izotopowym śledzeniem przemian metabolitów, bioenergetyki mitochondriów oraz analiz in vivo, projekt pozwoli wyjaśnić, w jaki sposób stres metaboliczny przyczynia się do obniżenia progu drgawkowego i fenotypu padaczkowego w komplementarnych modelach in vivo (mysz, danio pręgowany) oraz umożliwi mechanistyczną interpretację hiperamonemii i epileptogenezy u pacjentów z daną mutacją.

Glutamine synthetase (GS; EC 6.3.1.2; GLUL) catalyzes the ATP-dependent conversion of L-glutamate and ammonia into L-glutamine. This reaction represents the major pathway for detoxification of neurotoxic ammonia in the brain and is an essential component of the glutamate/GABA–glutamine cycle that sustains neurotransmission. A recently identified de novo GLUL variant resulting in the loss of the translation initiation codon causes developmental encephalopathy. This project focuses on the cellular and metabolic consequences of the mutant GSΔN protein. The aim is to comprehensively determine how the GSΔN variant: (1) alters the biochemical properties and structural dynamics of glutamine synthetase; (2) disrupts cellular metabolism, including mitochondrial function, glutamine and ammonia metabolic fluxes, and neurotransmitter homeostasis; and (3) contributes to the development of an epileptic phenotype, which will be investigated in complementary mouse and zebrafish models. By integrating biochemical analyses, isotope tracing-based metabolomics, mitochondrial bioenergetics, and in vivo studies, the project will elucidate how metabolic stress contributes to lowering the seizure threshold and the development of an epileptic phenotype in complementary mouse and zebrafish models. It will also provide a mechanistic understanding of hyperammonemia and epileptogenesis in patients carrying this GLUL mutation.

10. Wybrana literatura (Relevant literature):

Do 3 pozycji: autorzy, tytuł, czasopismo, rok, DOI/link. / Up to 3 items: authors, title, journal, year, DOI/link.

1. Jones, A.G.; Aquilino, M.; Tinker, R.J.; Duncan, L.; Jenkins, Z.; Carvill, G.L.; DeWard, S.J.; Grange, D.K.; Hajianpour, M.; Halliday, B.J.; et al. Clustered de Novo Start-Loss Variants in GLUL Result in a Developmental and Epileptic Encephalopathy via Stabilization of Glutamine Synthetase. The American Journal of Human Genetics 2024, 111, 729–741, doi:10.1016/j.ajhg.2024.03.005.

2. Zielińska, M.; Dąbrowska, K.; Hadera, M.G.; Sonnewald, U.; Albrecht, J. System N Transporters Are Critical for Glutamine Release and Modulate Metabolic Fluxes of Glucose and Acetate in Cultured Cortical Astrocytes: Changes Induced by Ammonia. J Neurochem 2016, 136, 329–338, doi:10.1111/jnc.13376.

3. Pawlik, M.; Czarnecka, A.M.; Kołodziej, M.; Skowrońska, K.; Węgrzynowicz, M.; Podgajna, M.; Czuczwar, S.J.; Albrecht, J. Attenuation of Initial Pilocarpine-Induced Electrographic Seizures by Methionine Sulfoximine Pretreatment Tightly Correlates with the Reduction of Extracellular Taurine in the Hippocampus. Epilepsia 2023, 64, 1390–1402, doi:10.1111/epi.17554.

11. Wymagania wobec kandydatów (Candidate requirements):

  • posiadanie tytułu magistra (lub równorzędnego) w zakresie nauk medycznych, biologicznych lub pokrewnych
  • doświadczenie w pracy laboratoryjnej i znajomość podstawowych technik z zakresu biochemii, biologii molekularnej, biologii komórki i obrazowania mikroskopowego
  • doświadczenie w prowadzeniu hodowli komórkowych
  • doświadczenie w pracy na modelach in vivo
  • atutem będzie znajomość modelowania i symulacji dynamiki molekularnej
  • samodzielność i dobra organizacja pracy
  • kreatywność, umiejętność pracy indywidualnej i zespołowej
  • bardzo dobra znajomość języka angielskiego w mowie i w piśmie
  • chęć uczenia się i podejmowania nowych wyzwań
  • dodatkowym atutem będzie dorobek naukowy udokumentowany publikacjami z listy JCR lub udział w konferencjach krajowych i zagranicznych

  • Required: Master's degree (or equivalent) in medical, biological or related sciences
  • Experience in laboratory work and familiarity with basic techniques in biochemistry, molecular biology, cell biology, and/or microscopy imaging
  • Experience in cell culture maintenance
  • Experience in working with in vivo models
  • Knowledge of molecular dynamics modeling and simulation would be an asset
  • Independence and strong organizational skills
  • Creativity and the ability to work both independently and as part of a team
  • Very good command of English, spoken and written
  • Willingness to learn and take on new challenges
  • Additional asset: scientific achievements documented by publications in JCR-listed journals or participation in national and international conferences

12. Wysokość stypendium (Scholarship amount):

Stypendium przed oceną śródokresową (1-2): 4 276,07 zł brutto; Stypendium po ocenie śródokresowej (3-4): 5 558,88  zł brutto

Scholarship before mid-term evaluation (1-2): PLN 4 276,07 gross; Scholarship after mid-term evaluation (3-4): PLN 5 558,88 gross

13. Liczba dostępnych miejsc (Number of positions available): 1 miejsce / 1 PhD position

Rekrutacja trwa do 1 września  2026 r. | Recruitment lasts until September 1st, 2026.

Numer projektu / Project number: NCN SONATA BIS 2023/50/E/NZ4/00550

1. Promotor (Supervisor): prof. dr hab. n. med. Agata Adamczyk

2. Adres e-mail promotora (Supervisor’s email): Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

3. Promotor pomocniczy (jeśli dotyczy) (Auxiliary supervisor, if applicable): dr Anna Wilkaniec

4. Jednostka naukowa (Research unit): Zakład Komórkowej Transdukcji Sygnału IMDiK PAN, Department of Cellular Signalling MMRI PAS

5. Tytuł projektu (Project title): Role of the purinergic P2X7 receptor in the regulation of the mitochondrial stress response induced by pathological forms of α-synuclein

6. Tytuł projektu (Project title): Rola receptora purynergicznego P2X7 w regulacji mitochondrialnej odpowiedzi na stres indukowanej przez patologiczne formy α-synukleiny

7. Dyscyplina naukowa (Scientific discipline): nauki medyczne

8. Opis projektu po polsku i angielsku (Project description in polish and english):

PL: Choroba Parkinsona jest postępującą chorobą neurodegeneracyjną związaną z akumulacją patologicznych form α-synukleiny, zaburzeniami funkcji mitochondriów oraz stopniową utratą neuronów dopaminergicznych. Coraz więcej danych wskazuje, że odpowiedź mitochondriów na stres, określana jako mtUPR (mitochondrial unfolded protein response), może być jednym z ważnych mechanizmów adaptacyjnych uruchamianych w odpowiedzi na uszkodzenie tych organelli. Dotychczasowe badania zespołu wykazały, że receptor purynergiczny P2X7 uczestniczy w rozwoju zaburzeń mitochondrialnych indukowanych przez zewnątrzkomórkową α-synukleinę. Nadal nie wiadomo jednak, czy receptor ten reguluje aktywację mtUPR oraz czy odpowiedź ta ma znaczenie ochronne, czy może przyczynia się do utrwalenia dysfunkcji mitochondriów i rozwoju neurodegeneracji.

Celem projektu jest określenie roli receptora P2X7 w regulacji mitochondrialnej odpowiedzi na stres indukowanej przez patologiczne formy α-synukleiny oraz ocena wpływu tego procesu na funkcję mitochondriów i przeżywalność neuronów. Badania będą prowadzone z wykorzystaniem mysich komórek neuronalnych HT22, ludzkich neuronów dopaminergicznych LUHMES oraz pierwotnych hodowli neuronalnych, a także mysiego modelu synukleinopatii indukowanej podaniem patologicznych form α-synukleiny do prążkowia. Analizy zostaną przeprowadzone u myszy szczepu C57BL/6J oraz u myszy B6.129P2-P2rx7tm1Gab/J pozbawionych funkcjonalnego receptora P2X7. Oczekuje się, że wyniki projektu pozwolą określić, czy receptor P2X7 pełni rolę regulatora odpowiedzi mtUPR oraz czy jego aktywność sprzyja ochronie mitochondriów, czy też nasila ich dysfunkcję w warunkach stresu wywołanego przez α-synukleinę. Uzyskane dane mogą przyczynić się do lepszego zrozumienia mechanizmów leżących u podstaw neurodegeneracji w chorobie Parkinsona oraz wskazać nowe potencjalne cele terapeutyczne.

EN: Parkinson’s disease is a progressive neurodegenerative disorder associated with the accumulation of pathological α-synuclein species, mitochondrial dysfunction and gradual loss of dopaminergic neurons. Growing evidence suggests that the mitochondrial stress response, known as the mtUPR (mitochondrial unfolded protein response), may represent an important adaptive mechanism activated in response to organelle damage. Previous studies from our group have shown that the purinergic P2X7 receptor contributes to mitochondrial dysfunction induced by extracellular α-synuclein. However, it remains unclear whether this receptor regulates mtUPR activation and whether this response is protective or may contribute to persistent mitochondrial dysfunction and neurodegeneration.

The aim of the project is to determine the role of the P2X7 receptor in regulating the mitochondrial stress response induced by pathological forms of α-synuclein and to assess its impact on mitochondrial function and neuronal survival. The study will be conducted using mouse HT22 neuronal cells, human LUHMES dopaminergic neurons and primary neuronal cultures, as well as a mouse model of synucleinopathy induced by intrastriatal administration of pathological α-synuclein species. Analyses will be performed in C57BL/6J mice and in B6.129P2-P2rx7tm1Gab/J mice lacking a functional P2X7 receptor. The project is expected to determine whether the P2X7 receptor regulates mtUPR and whether its activity supports mitochondrial protection or exacerbates mitochondrial dysfunction under α-synuclein-induced stress. The results may contribute to a better understanding of the mechanisms underlying neurodegeneration in Parkinson’s disease and indicate new potential therapeutic targets.

10. Wybrana literatura (Relevant literature)

- Wilkaniec A, Czapski GA, Cieślik M, Olech-Kochańczyk G, Gawinek E, Bielska E, Ruiz-Ortega ED, Babiec L, Strawski M, Wójcik P, Culmsee C, Adamczyk A. Soluble α-synuclein oligomers drive transient corticostriatal pathology and delayed nigral vulnerability in a mouse model of early α-synucleinopathy. Acta Neuropathol Commun. 2026 Jun 10. doi: 10.1186/s40478-026-02340-9. Epub ahead of print. PMID: 42271541.
- Wilkaniec A, Cieślik M, Murawska E, Babiec L, Gąssowska-Dobrowolska M, Pałasz E, Jęśko H, Adamczyk A. P2X7 Receptor is Involved in Mitochondrial Dysfunction Induced by Extracellular Alpha Synuclein in Neuroblastoma SH-SY5Y Cells. Int J Mol Sci. 2020 May 31;21(11):3959. doi: 10.3390/ijms21113959. PMID: 32486485; PMCID: PMC7312811.
- Wilkaniec A, Gąssowska M, Czapski GA, Cieślik M, Sulkowski G, Adamczyk A. P2X7 receptor-pannexin 1 interaction mediates extracellular alpha-synuclein-induced ATP release in neuroblastoma SH-SY5Y cells. Purinergic Signal. 2017 Sep;13(3):347-361. doi: 10.1007/s11302-017-9567-2. Epub 2017 May 17. PMID: 28516276; PMCID: PMC5563296.

11. Wymagania wobec kandydatów (Candidate requirements):

  • ukończone studia magisterskie lub równoważne w dziedzinie biologii, biotechnologii, biochemii, biologii medycznej, neurobiologii, farmakologii, analityki medycznej lub pokrewnej;
  • podstawowa wiedza z zakresu biologii komórki, neurobiologii lub biochemii oraz zainteresowanie badaniami nad molekularnymi i komórkowymi mechanizmami chorób neurodegeneracyjnych;
  • doświadczenie laboratoryjne zdobyte podczas studiów, praktyk, staży lub realizacji projektów badawczych;
  • mile widziana znajomość co najmniej jednej z następujących technik: hodowla komórkowa, Western blot, RT-qPCR, immunocytochemia, immunohistochemia, mikroskopia fluorescencyjna lub cytometria przepływowa;
  • gotowość do zdobywania nowych umiejętności eksperymentalnych, w tym pracy z modelami komórkowymi i materiałem biologicznym oraz – po odpowiednim przeszkoleniu – udziału w badaniach z wykorzystaniem modeli zwierzęcych;
  • umiejętność samodzielnej organizacji pracy, rzetelnego prowadzenia dokumentacji badawczej oraz efektywnej współpracy w zespole;
  • dobra znajomość języka angielskiego, umożliwiająca korzystanie z literatury naukowej oraz komunikację w środowisku naukowym;
  • motywacja do prowadzenia badań naukowych oraz rozwoju w ramach kształcenia w szkole doktorskiej.
  • completed Master’s degree or equivalent in biology, biotechnology, biochemistry, medical biology, neurobiology, pharmacology, medical analytics, or a related field;
  • basic knowledge of cell biology, neurobiology or biochemistry, and interest in research on the molecular and cellular mechanisms of neurodegenerative diseases;
  • laboratory experience gained during studies, internships, traineeships or research projects;
  • familiarity with at least one of the following techniques will be an advantage: cell culture, Western blot, RT-qPCR, immunocytochemistry, immunohistochemistry, fluorescence microscopy or flow cytometry;
  • willingness to acquire new experimental skills, including work with cellular models and biological material, and — after appropriate training — participation in studies using animal models;
  • ability to organise work independently, keep reliable research documentation and collaborate effectively within a team;
  • good command of English, enabling the use of scientific literature and communication in a scientific environment;
  • motivation to conduct scientific research and develop within the doctoral school programme.


12. Wysokość stypendium (Scholarship amount):
lata 1–2: co najmniej 4 276,07 zł brutto/mies. przed oceną śródokresową; lata 3–4: co najmniej 5 558,88 zł brutto/mies. po pozytywnej ocenie śródokresowej; zgodnie z aktualnymi stawkami ustawowymi.
Years 1–2: at least PLN 4 276,07 gross/month before the mid-term evaluation; years 3–4: at least PLN 5 558,88 gross/month after a positive mid-term evaluation, in accordance with the current statutory rates.

13. Liczba dostępnych miejsc (Number of positions available): 1

Rekrutacja trwa do 31 sierpnia 2026 r. | Recruitment lasts until August 31st, 2026.